Sim, é devido. Os contratos de compra e venda de mercadorias, via de regra, são formalizados sob a cláusula CIF, quando o transporte fica por conta do remetente; e da cláusula FOB, quando fica por conta do destinatário.
Dessa forma, conclui-se que apenas nos casos em que o destinatário contrata o serviço de transporte para entrega do bem que irá compor o seu ativo imobilizado ou material de uso e consumo adquirido em outro Estado (frete-FOB) é que a prestação do serviço estará sujeita ao recolhimento do ICMS diferencial de alíquota, haja vista que nesta hipótese o custo do frete não compõe o valor da operação.
veja a resposta de solução de consulta da Secretaria de Fazenda do Estado de mato Grosso.
INFORMAÇÃO Nº da Superintendente de Normas da Receita Pública