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Só podem ser usadas para instruir a declaração (dando origem a itens de DU-E) notas fiscais de exportação, ou seja, cujos CFOP dos itens sejam do grupo 7000. Além disso, por óbvio, as notas devem ser do tipo "saída" e ter como destino da operação "o exterior":

Além disso, a finalidade da NF-e deve ser "normal", "devolução de mercadoria" ou "complementar". Sendo que esta última não dá origem a Itens de DU-E, mas simplesmente complementa um Item que foi originado por uma nota "normal" ou "devolução de mercadoria".

NF-e complementar não é algo novo ou criado em função da DU-E. Tampouco suas regras de emissão foram estabelecidas em função da DU-E. 

A NF-e tem 4 finalidades, quais sejam: "normal", "complementar", "de ajuste" e "devolução de mercadoria".

A DU-E aceita como notas fiscais instrutivas apenas as com as finalidades "normal", "complementar" e "devolução de mercadoria". A "normal" e a "devolução de mercadoria" dão origem a itens de DU-E. A complementar não dá origem a um item de DU-E, mas tão somente complementa um item já existente. A nota fiscal "de ajuste" não é aceita na DU-E. 

Quando necessário, a nota complementar é informada em um campo próprio existente dentro do Item de DU-E. 

Notas complementares podem complementar tão somente valor, tão somente quantidade ou valor e quantidade. 

Quando da emissão da NF-e complementar, por regras do próprio SPED, deve ser indicada como referenciada na nota fiscal que se está complementando. 

Uma nota fiscal complementar de valor deve ser emitida com as quantidades zeradas. O SPED aceita e é o correto. Ao ser incluída na DU-E, o valor do item desta nota passa a ser somado ao valor do item de DU-E originado pela nota "complementada". 

Uma nota fiscal complementar de quantidade deve ser emitida com os valores zerados. O SPED aceita e é o correto. Ao ser incluída na DU-E, a quantidade do item desta nota passa a ser somada à quantidade do item de DU-E originado pela nota "complementada". 

Após a apresentação para despacho (inclusive após a averbação), se for necessário incluir uma nota complementar de valor na DU-E, o sistema não exigirá a recepção desta, uma vez que ela não ampara fisicamente uma mercadoria. 

Já se a necessidade de inclusão for de uma nota complementar de quantidade ou uma de valor e quantidade, aí exige-se prévia recepção desta, pois em tese ela ampara fisicamente mercadoria. Sempre que for necessário recepcionar uma nota complementar, sugere-se fortemente que o depositário somente o faça com autorização da RFB, pois se está recepcionando uma nota que não está chegando junto da carga. 

Não se deve confundir notas complementares com notas referenciadas. Em regra, as referenciadas serão de saída interna (ou seja, do grupo de CFOP 5000 ou 6000). São as notas usadas para transportar a mercadoria até o local de despacho (quando esse transporte não é amparado já pela própria nota de exportação) ou aquelas notas de remessa com fim específico de exportação, usadas nas chamadas "exportações indiretas". 

Há casos, tratando-se de DU-E já averbada, em que o exportador renegocia a mercadoria com outro comprador estrangeiro, por recusa do primeiro, não havendo previsão legal para a realização de trocas de notas. Sugere-se a retificação de valor, de modo a respaldar o fechamento de câmbio, caso necessário, seguido de registro do ocorrido em informações complementares. Sobre a retificação da DU-E, inclusive quando averbada, leia o tópico "Retificação da DU-E". 

CFOP (CÓDIGO FISCAL DE OPERAÇÕES E PRESTAÇÕES) QUE PODEM SER RECEPCIONADOS NO CCT 

? Do grupo 7000;  

? 5501, 5502, 6501 e 6502 (remessa com fim específico de exportação);  

? 5504, 5505, 6504, 6505 (remessa para formação de lote de exportação);  

? 5949 e 6949 (remessa por conta e ordem de terceiro ou "nota filha");  

? 5101; 5102; 5105; 5106; 5118; 5119; 5155; 5156; 5663; 5666; 5905; 5923; 6101; 6102; 6105; 6106; 6118; 6119; 6155; 6156; 6663; 6666; 6905; 6923 (eventualmente utilizadas no processo de exportação).

Fonte: https://www.gov.br/receitafederal/pt-br/assuntos/aduana-e-comercio-exterior/manuais/exportacao-portal-unico/elaboracao-da-due/notas-fiscais-eletronicas-que-instruem-a-du-e-possibilidades