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Primeiramente vejamos o que diz a legislação estadual (RICMS/MT) sobre a emissão da NF-e Complementar de imposto:

Art. 350 Além das hipóteses previstas neste capítulo, será emitido o documento correspondente:

(...)

II – na regularização em virtude de diferença de preço ou de quantidade das mercadorias, quando efetuada no período de apuração do imposto em que tenha sido emitido o documento original;

III – para correção do valor do imposto, se este tiver sido destacado a menor, em virtude de erro de cálculo, quando a regularização ocorrer no período de apuração do imposto em que tenha sido emitido o documento original.

(...)

§ 2° Nas hipóteses previstas nos incisos II e III do caput deste artigo, se a regularização não se efetuar dentro dos prazos mencionados, o documento fiscal será também emitido, sendo que o imposto devido será recolhido por GNRE On-Line ou DAR-1/AUT próprio, com as especificações necessárias à regularização, cujos número e data deverão constar no correspondente documento fiscal.

Observa-se no § 2º do referido artigo se a emissão da NF-e Complementar de ICMS for emitida após o período da emissão da NF-e Original, que se pretende complementar o ICMS, deve ser recolhido em separado e com a correção e multa de mora.

Desta forma, o contribuinte deverá observar a seguinte orientação (da SEFAZ/MT)  para o lançamento da NF-e na EFD e para o recolhimento do imposto:

1 - Deverá emitir NF-e complementar com base no artigo 350, inciso III combinado com o § 2° do mesmo artigo.

2 - Neste caso não é necessário retificar a EFD do mês de emissão da NF-e original, basta que na apuração do mês da nota complementar se faça um ajuste na apuração.

3 - A NF-e complementar emitida fora do período de apuração deverá ser declarada, como segue:

- no Registro C100, utilizar o código